WHISTON pa je poznan tudi po tem, da je v angleščino prevedel spise Jožefa Flavija, judovskega zgodovinarja iz prvega stoletja. Po tem prevodu ga še posebej poznajo tisti, ki preučujejo Sveto pismo. Knjiga The Works of Josephus (Jožefova dela) veliko odkrije o judovski zgodovini in svetu, v katerem so živeli zgodnji kristjani.

Whiston je bil zelo inteligenten. Preučeval je različne teme, še posebej znanost in religijo. Verjel je, da je svetopisemsko poročilo o ustvaritvi točno in da so načrtnost, eleganca in red, ki jih vidimo v naravi, dokaz božanskega Arhitekta.

Poleg tega je verjel, da je iz cerkva tako imenovanega krščanstva nastalo toliko veroizpovedi zato, ker so se duhovniki oddaljili od Svetega pisma. To so storili tako, da so dajali prednost nesvetopisemskim naukom in običajem cerkvenih zborov in tako imenovanih cerkvenih očetov.

Ker je Whiston Sveto pismo priznaval kot knjigo, ki odkriva resnico o Bogu, je zavrnil zamisel o večnem mučenju v peklenskem ognju. Na to zamisel je gledal kot na absurdno in kruto, pa tudi kot na takšno, ki žali Boga. S cerkvenimi oblastmi je še zlasti prišel navzkriž, ko je zavrnil nauk o Trojici. Ta nauk namreč pravi, da Boga sestavljajo Oče, Sin in sveti duh, tri enake in enako večne osebe. Vseeno pa trdi, da to niso trije Bogovi, ampak samo eden.

Whiston je po skrbnem raziskovanju sklenil, da zgodnji kristjani niso učili nauka o Trojici. Ta nauk je bil sprejet kasneje, ko se je v krščanstvo vtihotapila poganska filozofija. * Prijatelji so Whistona posvarili, da bo zanj nevarno, če objavi to, kar je odkril. Toda Whiston ni mogel mimo tega, kar je dojemal kot sprevračanje resnice o Jezusu. Po njegovem mnenju je bil namreč Jezus Božji Sin in ustvarjeno bitje.

Univerza v Cambridgeu je s položaja odstavila vsakogar, ki je učil zamisli, ki so bile v nasprotju z anglikanskimi nauki. To je pomenilo, da bi Whiston lahko izgubil profesuro. Kljub temu ni molčal. Bil je pravo nasprotje Newtona, ki je prav tako menil, da je Trojica krivi nauk, vendar ni odkrito razglašal svojih pogledov. Whiston je zapisal: »Nobeni svetni motivi [me] ne bodo odvrnili.«

Leta 1710 je Whiston izgubil službo na Cambridgeu. Ker je vztrajal pri svojem prepričanju, je bil »ugleden akademik, ki je postal izobčenec«. Vendar se tudi tega ni ustrašil. Medtem ko so ga obtožili krivoverstva, je pravzaprav napisal sklop esejev z naslovom Primitive Christianity Revived (Oživljeno prvotno krščanstvo). Z besedo »prvotno« je mislil izvirno krščanstvo, ki so ga učili Jezusovi zgodnji sledilci. Kasneje je ustanovil Družbo za širjenje prvotnega krščanstva, ki se je shajala v njegovem domu v Londonu.

Kljub temu da je izgubil profesuro in nekaj časa živel v finančnem pomanjkanju, je še naprej pisal in predaval v londonskih kavarnah. Da bi ljudem pomagal razumeti, kakšno je bilo življenje, ko se je pričelo krščanstvo, je leta 1737 objavil svoj prevod Jožefovih spisov. Ta prevod je še danes v tisku.

Whistona so zaradi njegovega pogumnega, a nepriljubljenega stališča danes mnogi označili za »ekscentrično osebnost«, pravi pisec James E. Force. Spet drugi pa ga občudujejo kot biblicista, iskrenega raziskovalca verske resnice in moža, ki je bil odločen živeti skladno s tem, kar je verjel.